指排污單位向環(huán)境保護行政主管部門提出申請后,環(huán)境保護行政主管部門經(jīng)審查發(fā)放的允許排污單位排放一定數(shù)量污染物的憑證。排污許可證屬于環(huán)境保護許可證中的重要組成部分，而且被廣泛使用。排污許可證制度,是指有關(guān)排污許可證的申請、審核、頒發(fā)、中止、吊銷、監(jiān)督管理和罰則等方面規(guī)定的總稱。
1、依據(jù)不同：城市排水許可證依據(jù)《城市排水許可管理辦法》；排污許可證依據(jù)《排污許可證管理暫行規(guī)定》，北京這邊是依據(jù)《北京市排污許可證管理辦法》
2、發(fā)放范圍不同：城市排水許可證發(fā)放對象是向城市排水光武及其附屬排放污水的排水戶；排污許可證原則上包括所有向環(huán)境直接排放或間接排放污水和廢氣污染物的點源排污單位。
3、排放要求不同：僅對于城市納管排水戶來說，城市排水許可證對其水量、入網(wǎng)水質(zhì)做了規(guī)定；排污許可證還增加了污染物總量控制的要求。
4、發(fā)證單位不同：城市排水許可證由城建部門負責發(fā)放；排污許可證由環(huán) 保 部 門 負責發(fā)放，
他們之間的聯(lián)系是：
1、城市納管排水戶應(yīng)同時申領(lǐng)排污許可證和排水許可證。
2、城市納管排水戶排放污水必須同時滿足排污許可證和排水許可證的要求，即兩種許可證中嚴格的規(guī)定。