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多組學(xué)聯(lián)合分析:脂質(zhì)組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)聯(lián)合分析發(fā)現(xiàn)Newhall臍橙有無(wú)光澤的分子機(jī)制

品牌名稱(chēng): 百泰派克生物科技
業(yè)務(wù)范圍: 技術(shù)服務(wù)
經(jīng)營(yíng)模式: 生產(chǎn)廠(chǎng)商
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發(fā)布時(shí)間: 2023-12-20 03:51
最后更新: 2023-12-20 03:51
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關(guān)鍵詞:多組學(xué),轉(zhuǎn)錄組學(xué),脂質(zhì)組學(xué),蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué),tmt,抗體測(cè)序,itraq,蛋白質(zhì)譜鑒定,蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué),tmt,抗體測(cè)序,itraq,蛋白質(zhì)譜鑒定,蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué),tmt,抗體測(cè)序,itraq,蛋白質(zhì)譜鑒定"

不知道大家平時(shí)在買(mǎi)水果的時(shí)候是不是都更喜歡有光澤的水果呢?可是,市場(chǎng)上一些有光澤的水果并不是天然就有光澤的。打蠟和拋光是新鮮柑橘商品化的關(guān)鍵步驟。但是,該過(guò)程中使用的合成蠟,由于獨(dú)特的化學(xué)特性,會(huì)阻塞氣孔并影響果實(shí)品質(zhì)。因此,讓栽培的水果具有期望的顏色、高光澤度、優(yōu)良內(nèi)部品質(zhì)和強(qiáng)抗菌性能是相當(dāng)重要的。作為植物與環(huán)境接觸的第一個(gè)外部屏障,柑橘類(lèi)水果的表皮蠟質(zhì)已被報(bào)道在保水性、氣體交換和果實(shí)表面光澤度中發(fā)揮重要作用。結(jié)合表皮的外部保護(hù),膜脂質(zhì)直接保護(hù)植物細(xì)胞和細(xì)胞器,質(zhì)體膜脂質(zhì)是植物膜脂質(zhì)系統(tǒng)的主要成分。

在柑橘中與脂類(lèi)相關(guān)的大多數(shù)分子研究一般重點(diǎn)注重角質(zhì)層,沒(méi)有突出膜脂的重要性?;谙惹皥?bào)道的“Newhall”臍橙的光澤突變體,研究者對(duì)該光澤突變體(MT)和野生型“Newhall”臍橙(WT)的未成熟階段和成熟階段進(jìn)行了脂質(zhì)組和轉(zhuǎn)錄組分析,以確定蠟和質(zhì)體脂質(zhì)之間的碳交換。并嘗試通過(guò)三個(gè)上調(diào)的脂肪酶基因的功能鑒定來(lái)闡明MT中JA水平升高的潛在原因。這項(xiàng)研究在增進(jìn)對(duì)柑橘類(lèi)水果品質(zhì)維持的理解,為柑橘脂庫(kù)天然存在的變異的分子機(jī)制提供了新見(jiàn)解。

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s5

雜志:Horticulture Research

影響因子:5.404

發(fā)表時(shí)間:April 2020

文章鏈接:https://www.nature.com/articles/s4-z

摘要

表皮脂質(zhì)和膜脂質(zhì)在新鮮水果的品質(zhì)維持和抗病性中都起著重要作用。許多報(bào)道表明在表皮蠟突變體中有替代分支途徑的改變。但是,到目前為止,尚不清楚脂質(zhì)的具體變化。本文中,研究者對(duì)“Newhall”臍橙(WT)及其有光澤的突變體(MT)“Gannan No.1”進(jìn)行了一個(gè)全面的時(shí)間分辨脂質(zhì)組和轉(zhuǎn)錄組分析。結(jié)果表明,MT中隨著果實(shí)成熟度的增加,蠟的形成受到嚴(yán)重抑制,并伴隨著36碳質(zhì)體脂質(zhì)的大量產(chǎn)生。轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析進(jìn)一步鑒定出一系列參與蠟和膜脂質(zhì)生物合成途徑的關(guān)鍵功能酶和轉(zhuǎn)錄因子。此外,茉莉酸(JA)在MT中的高積累可能是由于需要維持質(zhì)體脂質(zhì)體內(nèi)穩(wěn)態(tài),因?yàn)閮煞N明顯上調(diào)的脂肪酶(CsDAD1和CsDALL2)的表達(dá)水平與質(zhì)體脂質(zhì)呈正相關(guān),而這兩種酶能將質(zhì)體脂質(zhì)水解從而增加JA含量。該研究結(jié)果將對(duì)植物脂質(zhì)自然變異的分子機(jī)制提供新見(jiàn)解,從而為提高柑橘類(lèi)水果的質(zhì)量奠定基礎(chǔ)。

主要結(jié)果

研究者選擇了果實(shí)開(kāi)始膨脹(90DAA)、開(kāi)始成熟(150DDA)和完全成熟(210DDA)三個(gè)階段的樣本,對(duì)蠟含量在果實(shí)發(fā)育階段的變化進(jìn)行了驗(yàn)證。研究發(fā)現(xiàn),在整個(gè)發(fā)育過(guò)程中,蠟中所有脂族化合物在MT中的含量均低于WT中的,且隨著果實(shí)成熟度的增加差異也越來(lái)越大。對(duì)150DAA和210DAA階段的果實(shí)果皮進(jìn)行脂質(zhì)組分析,共鑒定和定量了219種甘油脂,層次聚類(lèi)分析顯示MT中的磷脂代謝與WT中的代謝模式不同。根據(jù)所有脂質(zhì)類(lèi)別的相對(duì)含量,在兩個(gè)階段均觀(guān)察到MT中的脂類(lèi)積累高于WT中的脂類(lèi)積累,尤其是在210 DAA。為了進(jìn)一步研究MT和WT之間分子生物學(xué)調(diào)控的差異,研究者對(duì)在150 DAA和210 DAA收獲的水果的果皮進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組分析。轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)顯示W(wǎng)T和MT差異表達(dá)基因(DEG)的比例隨著果實(shí)成熟度的增加而增加,且這些DEG在24條KEGG途徑中顯著富集。JA的生物合成與質(zhì)體脂質(zhì)密切相關(guān),為了確定參與質(zhì)體脂質(zhì)降解和JA形成的關(guān)鍵脂肪酶,研究者通過(guò)blast搜索共鑒定出37種推測(cè)的脂肪酶,系統(tǒng)發(fā)育分析表明,三個(gè)PLA1基因被分組在DAD1樣基因家族中,其中兩個(gè)基因CsDAD1和CsDALL2與質(zhì)體脂質(zhì)呈正相關(guān)。通過(guò)在煙草中瞬時(shí)過(guò)表達(dá)這3個(gè)基因,研究者發(fā)現(xiàn)在CsDAD1和CsDALL2的過(guò)表達(dá)系中JA水平分別增加了19倍和8倍,表明這兩個(gè)基因?qū)A的形成有很大的影響。

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MT和WT中隨著成熟度增加的光澤表型和蠟的合成

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MT和WT的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析

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煙草中DAD1樣基因的功能表征

百泰派克生物科技提供多組學(xué)整合分析服務(wù),包括脂質(zhì)組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)的聯(lián)合分析。

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